市体育局下面有5个下属单位,:市体育局、市体育中心、东莞体育运动学校(市游泳运动管理中心、市体育彩票管理中心、市滨江体育公园,其中新启用的市网球中心划归滨江体育公园管理。
市体育局对各镇街的体育管理部门有业务指导的关系,有11个镇设立了文体分局或体育中心、体育办公室;大部分镇街的体育职能由当地的文化、宣传、教育、广电部门中工作人员兼任。